A partire da Mac OS 10.14 (Mojave) può accadere che iTunes non importi più i file m4a.

Va a questo punto chiarito che il formato .m4a non esiste, in realtà.
Un file .m4a è un file .mp4 che contiene solamente una traccia audio con codec AAC o HE-AAC.

La soluzione è semplice: rinominare il file .m4a in .mp4, ed importarlo regolarmente.
Il file è lo stesso, e il nome va benissimo anche per la sincronizzazione con iPhone e iPad.

Se invece si sceglie di convertire la traccia verranno usati i settings di conversione di iTunes, e questo potrebbe aumentare considerevolmente la dimensione del file o diminuirne la qualità.